目前国家教育部门并没有公布权威的大学排名榜单，以下是升学报考指南为广大考生整理的第三方机构（软科、校友会）公布的南京医科大学全国排名情况，由于各机构排名指标不一样，排名位次仅供初略参考，不代表权威结果，选择学校时还请综合多方面因素考虑。
1、南京医科大学全国排名【软科版】
| 序号 | 学校名称 | 公布机构 | 公布时间 | 全国排名 |
| 1 | 南京医科大学 | 软科 | 2023 | 医3 |
| 2 | 南京医科大学 | 软科 | 2022 | 医3（54） |
| 3 | 南京医科大学 | 软科 | 2021 | 医3（47） |
| 4 | 南京医科大学 | 软科 | 2020 | 47 |
| 5 | 南京医科大学 | 软科 | 2018 | 55 |
| 6 | 南京医科大学 | 软科 | 2017 | 59 |
2、南京医科大学全国排名【校友会版】
| 序号 | 学校名称 | 公布机构 | 公布时间 | 全国排名 |
| 1 | 南京医科大学 | 校友会 | 2023 | 108* |
| 2 | 南京医科大学 | 校友会 | 2022 | 114 |
| 3 | 南京医科大学 | 校友会 | 2021 | 114 |
| 4 | 南京医科大学 | 校友会 | 2020 | 130 |
| 5 | 南京医科大学 | 校友会 | 2019 | 138 |
| 6 | 南京医科大学 | 校友会 | 2018 | 139 |
| 7 | 南京医科大学 | 校友会 | 2017 | 130 |
| 8 | 南京医科大学 | 校友会 | 2016 | 162 |
3、南京医科大学简介
南京医科大学（Nanjing Medical University）是教育部、中华人民共和国国家卫生健康委员会、江苏省共建高校和江苏高水平大学建设高校，是教育部"卓越医生教育培养计划"试点高校、国家建设高水平大学公派研究生项目实施高校、国家"特色重点学科项目"建设高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、江苏省高层次人才培养计划"333工程"培训基地，长三角医学教育联盟创始成员。
学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学
