目前国家教育部门并没有公布权威的大学排名榜单，以下是升学报考指南为广大考生整理的第三方机构（软科、校友会）公布的北京协和医学院全国排名情况，由于各机构排名指标不一样，排名位次仅供初略参考，不代表权威结果，选择学校时还请综合多方面因素考虑。
1、北京协和医学院全国排名【软科版】
| 序号 | 学校名称 | 公布机构 | 公布时间 | 全国排名 |
| 1 | 北京协和医学院 | 软科 | 2023 | 医1 |
| 2 | 北京协和医学院 | 软科 | 2022 | 医1（21） |
| 3 | 北京协和医学院 | 软科 | 2021 | 医1（16） |
| 4 | 北京协和医学院 | 软科 | 2020 | 23 |
| 5 | 北京协和医学院 | 软科 | 2017 | 52 |
2、北京协和医学院全国排名【校友会版】
| 序号 | 学校名称 | 公布机构 | 公布时间 | 全国排名 |
| 1 | 北京协和医学院 | 校友会 | 2023 | 32* |
| 2 | 北京协和医学院 | 校友会 | 2022 | 35 |
| 3 | 北京协和医学院 | 校友会 | 2021 | 30 |
| 4 | 北京协和医学院 | 校友会 | 2020 | 50 |
| 5 | 北京协和医学院 | 校友会 | 2019 | 71 |
| 6 | 北京协和医学院 | 校友会 | 2018 | 56 |
| 7 | 北京协和医学院 | 校友会 | 2017 | 57 |
| 8 | 北京协和医学院 | 校友会 | 2016 | 45 |
3、北京协和医学院简介
北京协和医学院是国家卫生健康委员会直属、与中国医学科学院实行院校合一管理体制的全国重点大学，属于世界一流学科建设高校，入选卓越医生教育培养计划。
学校前身是美英基督教教会于1906年共同创办的协和医学堂。1912年，改称协和医学校。1917年，成立北京协和医学院。1919年，改名北京协和医科大学。1929年，更名私立北平协和医学院。1951年1月，学校由中央人民政府教育部和卫生部接管，且改名为中国协和医学院。历经传承与发展，学校先后更名为中国医科大学、中国首都医科大学和中国协和医科大学。2006年定名北京协和医学院。
